Astaxanthin är ett rött pigment som finns i många naturliga organismer.Naturligt astaxantinfinns främst i marina organismer som skiljer sig från klorofyll och -karoten i landväxter. Det är en form av mikroalger som konsumeras av många olika typer av vattenlevande organismer. Astaxanthins starka röda pigmentering gör att dessa djur får rött eller rosa kött eller skal.
Röd lax som finns i det vilda Stilla havet är en av de högsta koncentrationerna avnaturligt astaxantin, förutom H. Pluvialis. Detta pigment ger fiskens kött en ikonisk djupröd och otroligt hälsosamma antioxidantegenskaper. Andra naturliga källor till astaxantin inkluderar hummer, arktiska räkor, krabba, kräftor, röd öring, alger och krill. Röda fåglar får vanligtvis sin färg genom att äta fisk och växter rika påastaxantin, men deras pigmentkoncentrationer är vanligtvis låga.
Även om marint liv är den vanligaste källan tillnaturligt astaxantin, är det inte begränsat till vattenbaserade växter och djur. Till exempel innehåller en jäst som heter Xanthophyllomyces dendrorhous (Phaffia-jäst) också relativt höga halter av astaxantin. Det är en producent av astaxantin. Det kommer inte att absorbera det från andra organiska källor.